尽管有多种不同名称的含氯消毒剂，但是起消毒作用的却是相同的有效氯离子。既要能杀灭或抑制微生物生长又不造成鱼儿死亡，控制水中有效氯离子的浓度是关键。氯主要作用于鳃，余氯量达到0.4ppm时，鱼的呼吸上皮细胞受到严重损伤，鳃的颜色变浅，鳃和皮肤粘液分泌增加。据报道当污水中有效氯离子超过0.37ppm时，鱼类不能存活，超过0.35ppm时，鲤科鱼类鱼苗会全部死亡，超过0.02ppm时，美州红点鲑和褐鳟鱼死亡。